Bedasarkan tugas dan fungsinya, Permenristekdikti No.35 Tahun 2015 bahwa LPPM terdiri atas Pusat-Pusat sesuai dengan fungsionalitas nya, antara lain:
Pusat Penlitian dan Inovasi
Sebagai ujung tombak kegiatan dan refocusing riset di Universitas Trunojoyo Madura, serta pusat hilirasasi hasil riset yang dimanfaatkan masyarakat dan recognisi global